内阁
明朝内阁，为明成祖首先确立。乃是明朝1402年（建文四年）至1644年（崇祯十七年）的皇帝咨政机构，此后权力逐渐增大，后形成为明朝行政中枢。内阁辅臣的人数为一人至七人不等，辅臣奉使出外办事，多自称阁部。明太祖废除宰相。起初，内阁大学士只具有顾问身份，皇帝为最终决定的权力，而大学士很少有参决的机会。到明仁宗、明宣宗时期，大学士均因有太子经师的恩情，而得以累加至太子三孤身份，地位日益受尊崇。宣宗时期，朝廷事无大小，宣宗均悉数谘询大学士杨士奇的看法而决定。虽然吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉召见时得以参与各部事宜，然而其还远不如杨士奇等内阁成员得以亲自接见。自此，内阁的权力日益增大，到明世宗中叶，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部[2]。
洪武十三年，明太祖朱元璋杀左丞相胡惟庸，罢中书省，废丞相，分中书省之权归于六部，六部直接秉承皇帝意旨办事。初置四辅官，以春、夏、秋、冬为名，不久废去。洪武十五年，仿宋朝制度，设殿阁大学士，当时设有华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁、文华殿等大学士之名，后称为“内阁”。开始设立时，大学士之职掌“侍左右，备顾问”，秩为正五品。成祖时，大学士开始参预机务，仁宗时，阁臣之权渐重。到世宗嘉靖时，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，大臣之阁衔随之变动。大学士的班次列在六部尚书之上，成为事实上的宰相，首席大学士称为“首辅”，权力极重。
六部
明朝中枢设六部。吏部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（文选、验封、稽勋、考功），每司各有郎中一人，员外郎一人，主事一人等官。吏部职权特重，为六部之首。户部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设十三清吏司（浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南），各司有郎中、员外郎、主事等官。户部另有一些直辖机构，如宝钞提举司、印钞局、广盈库、军储仓等。礼部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（仪制、祀祭、主客、精膳），各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖铸印局等。兵部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（武选、职方、车驾、武库），各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖会文馆等机构。刑部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设十三清吏司（分司同户部）。各司有郎中、员外郎、主事等官。工部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（营缮、虞衡、都水、屯田），各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖宝源局、军器局等机构。
都察院
洪武十三年，罢御史台。洪武十五年，更置都察院。左都御史掌都察院，与右都御史同正二品。左、右副都御史，正三品。左、右佥都御史，正四品。十三道监察御史计一百一十人，正七品。都御史，“纠劾百司，辨明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司”。十三道监察御史的职责是“察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。在内两京刷卷，巡视京营，监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城，轮值登闻鼓。外巡按，清军，提督学校，茶马，巡漕，巡关，攒运，印马，屯田。师行则监军纪功”。巡按称为“代天子巡狩”。明朝检察权很高，监察御史品级不高，出外巡查时权力却很大。