不过这也并不是拜仁的全部，因为拜仁的替补阵容也是非常强大的，甚至于张卫对他们的替补更为看重。
首先要介绍的应该就是穆勒了，1989年9月13日托马斯・穆勒出生于慕尼黑郊外四十公里的威尔海姆市。1993年四岁的托马斯・穆勒便成为了威尔海姆的帕尔俱乐部一员，开始了自己的足球生涯，在帕尔的七年时间，为穆勒日后的足球生涯打下了良好的基础。
2000年5月19日穆勒加入拜仁慕尼黑足球俱乐部青训营，在2007年的德国A级青年联赛中，穆勒出场二十六次打进十八球，帮助球队夺得十九岁以下德甲联赛亚军，在拜仁青训营的八年时光，穆勒除了每日的训练之外，还完成了中学的学业，每周他都要坐火车往返于学校和训练场之间。
2008-09赛季他代表拜仁二队参加德丙联赛，三十二场攻入十五球，在德丙射手榜中排名第五，顺利进入一队大名单。2008年夏天拜仁历史上的传奇球星盖德・穆勒在一次专访中，点名称赞了托马斯・穆勒出色表现，看好他成为拜仁青训营脱颖而出的球星。在拜仁青训营崭露头角的穆勒很快吸引了众多德国劲旅的关注，慕尼黑1860和斯图加特都曾派出球探考察穆勒。2008年8月15日拜仁慕尼黑对阵汉堡的德甲联赛中，最后十分钟穆勒替换米罗斯拉夫・克洛泽出场，完成了其在一线队的正式首秀，在2008-09赛季穆勒获得了三次德甲出场机会。
2008年年底刚刚夺得德甲半程冠军的霍芬海姆私下接触穆勒，打算用一份丰厚的合同将其签下，并且许诺给他比在拜仁多得多的出场机会，但穆勒拒绝了，他表示自己在拜仁已经待了九年，更愿意在拜仁证明自己。
2009年2月穆勒与其二队队友霍尔格・巴德施图伯得到了一份为期两年、截止到2011年的新合同，从2009-10赛季起生效。2009年夏天穆勒被提拔上拜仁一队，成为了一线队的正式一员，从一开始穆勒就被定位为克洛泽、戈麦斯、托尼和奥利奇之后的拜仁第五前锋。
2009年3月11日欧冠1/8决赛第二回合，拜仁慕尼黑主场对阵里斯本竞技，第七十二分钟穆勒换下施魏因斯泰格，而第九十分钟，索萨开出角球，替补登场的穆勒混战中近距离破门，成功地完成了其个人在欧洲赛场的首演，最终拜仁在主场七比一大胜，总比分十二比一淘汰里斯本竞技晋级八强。
2009年9月12日拜仁和多特蒙德的比赛，穆勒再次替补登场，本场比赛他独中两元，帮助拜仁五比一横扫对手，不仅打入德甲处子球，还超额完成了任务，他也在赛后被媒体评为本场比赛的最佳球星。2009年9月13日盖德・穆勒将托马斯・穆勒钦点为自己的接班人，2009年9月16日2009-10赛季欧冠第一轮，拜仁对阵海法马卡比，比赛第八十五分钟，奥特尔禁区内接普拉尼奇直塞球回敲中路，穆勒在禁区弧顶处得球后右脚抽射球门底角得分，将比分扩大为二比零，三分钟后戈麦斯利用速度摆脱后卫防守后右路传中，穆勒门前近距离右脚捅射破网，将比分定格为三比零。