樊耀南在担任省主席后很做了一些事。
原本被杨增新压制，他的很多想法无法成行。现在，因为军政分离，特别是军事改革越来越深入，杨增新已经没有精力再管行政这一块了。本来就精于行政的他，在有张汉卿撑腰后开始大刀阔斧地进行变革。
首先是在迪化兴建了新疆大学和新疆师范大学，这两所由奉系出资300万元的大学，填补了西北边陲没有大学的空白，在新疆现代史上值得浓墨重彩。
然后勘探从伊犁----迪化----哈密一直通往丝绸之路的路线，为建设一条跨越全疆的铁路和公路做准备。
在甘肃诸省人力和张汉卿财政支持下，先后下马了几个重点工程项目，包括钢铁、煤炭、机械、化学、纺织、电力几大行业。在张汉卿一力推行下，建设兵团的筹建正在加速进行。
中国利用士兵和农民垦种荒地以取得军队供养和税粮自古有之。它渊源于西汉，至曹魏形成一套完整的制度。《三国志》里说民屯每50人为1屯，屯置司马，其上置典农都尉、典农校尉、典农中郎将，“不隶郡县”。
从曹操军屯起，到朱元璋的军户制度，以及后世的各地建设兵团，都是一脉相承的。究其原因，是因为从行政角度可以最大限度地组织起失地的农民，以及获得无主荒地。政|府以其高效、较强的资源获得能力和公信力使得百姓愿意接受这样一种看似剥削实则活命的办法----尤其在盘剥厉害的战乱时期，政|府所有土地没有被侵吞之虞，以及至少还有盘剥的底线。
新疆虽然有大量土地，却因为交通和信息闭塞的原因，内地汉民无法或者不敢前往，这时就需要政|府组织先期的工作：解决衣食住行、解决种子、解决农具等。
在清代，统治者高度重视垦荒，将其视为国策，因此清代内地的土地开发到了“地无余陇”的地步。同时清朝还在边疆地区大规模开荒，取得很大成绩。嘉庆年间洪亮吉被流放新疆，在他诗里，“今看戈壁外，千里无弃壤”，连新疆都有了大片的良田。
在现代条件下，只要有人有组织，大规模耕种成为可能。建设兵团在新疆不单单种庄稼，还有棉花、油菜、甜菜等经济作物。不同的地域根据各自的特色种植不同的作物，由政|府统筹，是现阶段屯田的要求。而有了大规模土地后，让机械化耕作成为可能。
最让张汉卿苦恼的是，人民军在巡视各地并完成归化军的改编后是无法行使建设兵团的职责的，国内局势的需要使他必须在安顿后离开。而现有的军队力量本就不敷使用，不可能让军队转为半民用，这在目前是一种浪费。
可是建设兵团设立伊始，虽然有樊耀南鼎力支持，但毕竟是一项全新的尝试。军屯要占用大量土地，虽然是无主荒地，却难免不与当地一些势力发生冲突，没有一个强有力的武装机构是很难压制住别人的这种企图的。