王敦最后奏曰“臣门户特受荣任，备兼权重，渥恩偏隆，宠过公族。行路厮贱犹谓不可，臣独何心可以安之。臣一宗误陛下，倾覆亦将寻至；虽复灰身剖心，陛下追悔将何所及！伏愿谅臣至款，及今际会，小解散之，并授贤俊，少慰有识，各得尽其所怀，则人思竞劝矣。州牧之号，所不敢当，辄送所假侍中貂蝉。又宜并官省职，以塞群小觊觎之望。”
晋元帝司马睿优诏不许。王敦又固辞州牧，听为刺史。时刘隗用事，颇疏间王氏，王导等甚不平之。王敦上疏曰
“导昔蒙殊宠，委以事机，虚己求贤，竭诚奉国，遂藉恩私，居辅政之重。帝王体远，事义不同，虽皇极初建，道教方阐，惟新之美，犹有所阙。臣每慷慨于遐远，愧愤于门宗，是以前后表疏，何尝不寄言及此。陛下未能少垂顾眄，畅臣微怀，云导顷见疏外，所陈如昨，而其萌已著，其为咎责，岂惟导身而已。群从所蒙，并过才分。导诚不能自量，陛下亦爱忘其短。常人近情，恃恩昧进，独犯龙鳞，迷不自了。臣窃所自忧虑，未详所由，惶愧踧躇，情如灰土。天下事大，尽理实难，导虽凡近，未有秽浊之累；既往之勋，畴昔之顾，情好绸缪，足以历薄俗，明君臣，合德义，同古贤。昔臣亲受嘉命，云“吾与卿及茂弘当管鲍之交。“臣忝外任，渐冉十载，训诱之诲，日有所忘；至于斯命，铭之于心，窃犹眷眷，谓前恩不得一朝而尽。
伏惟陛下圣哲日新，广延俊乂，临之以政，齐之以礼。顷者令导内综机密，出录尚书，杖节京都，并统六军，既为刺史，兼居重号，殊非人臣之体。流俗好评，必有讥谤，宜省录尚书、杖节及都督。且王佐之器，当得宏达远识、高正明断、道德优备者，以臣暗识，未见其才。然于见人，未逾于导；加辅翼积年，实尽心力。霸王之主，何尝不任贤使能，共相终始！管仲有三归反坫之识，子犯有临河要君之责，萧何、周勃得罪囹圄，然终为良佐。以导之才，何能无失，！当令任不过分，役其所长，以功补过，要之将来。导性慎密，尤能忍事，善于斟酌，有文章才义，动静顾问，起予圣怀，外无过宠，公私得所。今皇祚肇建，八表承风；圣恩不终，则遐迩失望。天下荒弊，人心易动；物听一移，将致疑惑。臣非敢苟私亲亲，惟欲忠于社稷。”
王敦上表至，王导未看，封起来以还王敦，王敦复遣奏之。
王敦“蜂目豺声”，雅尚清谈，口不言财色。既素有重名，又立大功于江左，手控强兵，群从贵显，威权莫贰，遂欲朝廷，有问鼎之心。晋元帝司马睿畏惧、厌恶之，遂引刘隗、刁协等以为心膂。王敦益发心里不能平静，于是双人之间的嫌隙开始构成矣。
王敦每酒后辄咏魏武帝曹操乐府歌曰“老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心不已。“以如意打唾壶为节，壶边尽缺，以表达愤慨之意。湘州刺史甘卓迁梁州，王敦欲以从事中郎陈颁代甘卓，晋元帝司马睿不从，更以谯王司马承镇湘州。晋元帝司马睿谓司马承曰“湘州南楚险固，在上流之要，控三州之会，是用武之国也。今以叔父居之，何如？”