袁崇焕归心似箭，他于十月二十三日上《三乞给假疏》“为仰遵明旨，给假奔丧，恳乞俯察臣心，曲存孝道事。除臣力疾设香案，望关扣头谢恩外，窃念皇上刻意求治，简贤择能，凡叨任使之荣，俱庆风云之遇，尚有沉抑下寮，欲效犬马之劳而不可得者。。。。。。。”
虽然袁崇焕连番上疏请假，天启皇帝仍坚持让他遵旨供职，不准给假。
当时，袁崇焕尚未名扬天下，天启皇帝都不肯放他的假，这次宁远之役后就更加不会放了“袁崇焕移孝就忠，拼身固守，全城挫贼，劳绩可嘉。正当夫图恢复，以收全功，何得遂萌归念，不准辞。满桂、赵率教已经加级，其余文武各官功次，作速勘明优叙。一切善复事宜即与覆行，毋误封疆大计。”
蓟辽总督王之臣认为现在军中冗官很多，真打下来又无兵可用，建议裁撤将领，辽东只设二个总兵官，再设几个协官足矣“宁远事急，臣意关门有重兵，可分一万，则各将面面相视，此云兵少，彼云马弱。即询车营何在，李秉诚云马帅在时，营已尽废矣。其兵不任荷戈，其车半归朽坏矣。国家何赖此诸将为哉？关上兵不满三万，设一总兵，南北二部设二协；守宁远兵不满二万，设一总兵，前屯、中右设二协，守亦足办矣。各帅或调别镇以尽其才，或回府以需后用。乞敕九卿科道，从长计议。“
天启皇帝怕如此大力度的撤军，会引起军中将领的强力反弹，以奴酋方退，还着从容酌议，让各镇将仍安心供职。
辽东经略高第、蓟辽总督王之臣俱向天启皇帝上疏言及建虏的最新动向，提醒皇上不能松懈“据塘报，奴酋有待四月草青之时，再去攻城等语。臣驻宁远，与镇、道诸臣图善后之策。因念宁远之守实为孤注，必须在在设防，前有埋伏，后有应援，左右有犄角，而后贼进不敢攻、退无所掠。与诸臣相度形势，宁远以西中右、中后、前屯，俱应选将分兵，无事训练，有警应援。其城或有未修者，或有修而未完者，先修紧要，其余以次渐及。即将难民填实各城堡，分发芜田，给以牛具、籽种，尽力布种，秋成量征其租，以佐军储。”
天启皇帝对建虏的动向也很关注，他可不想再受一次惊吓“据回乡屡报奴贼造车、修器意图，再逞关外，防御事宜比前倍加毖饬。这条议各款，速与覆行，火药、器械等物即时给发，毋误急需。以辽人守辽土诚为善策，宜尽发出关。”
蓟辽总督王之臣指出应让袁崇焕担任辽东巡抚，宁前兵备道则另选良才“袁崇焕既已加衔，即当实授辽抚，给以令旗令牌关防，关内关外兵马悉听调度。宁前兵备道员缺，另择真正边材，速为铨补。……”
天启皇帝没有明确表达，将球踢给了兵部“袁崇焕应否加辽东巡抚职衔，着该部酌议妥当具奏。”
直隶巡按洪如钟说现在有很多骗官骗饷之人，都来到辽东，皇上应该多加提防“为逆酋虽退，内备宜严。内云一曰缮城，一曰利器，一曰练兵，一曰秣马，一曰款虏，一曰任将。又云骗官骗饷之徒，趋关门如鹜，半属请托，鲜有真实心任事者。非大破情面、换尽肺肠，仍前泄泄，将何所税驾哉？昔人谓兴一利不如除一害，夫除害即所以兴利也。若从兹休息教训，渐次布置，以须挞伐，则袁崇焕自饶为之，非微臣之所能及也。”