朱燮元慷慨言：“我誓与此城共存亡！”，贼薄城，朱燮元使土司坤汝常乘贼，指挥常恭等火炮助之，贼稍却，斩贼先锋一人。次日，贼数千人，障革裹竹牌进，矢石不得近，朱燮元命架七星炮，火箭火砖冲击之，杀数百人。至暮，贼拥钩梯数千，攀城欲上，朱燮元命士卒第放火炮、矢石，至天明，贼积尸陵城下。时冬，濠水涸，贼帅降民，持篾（劈成条的竹片）束薪，载濠土垒如山，上架蓬荜，形类行屋，以避铳石。伏弩仰射，城中垂帘蔽矢石。
朱燮元夜缒壮士，持刍涂膏，杀守者纵火。火举山隤（倒下），贼大阻。朱燮元又遣人决都江堰水至濠，濠满，贼乃治桥，得少息。因缉获城中与贼通者二百人，悬其首陴上。贼又于城四面立望楼，高与城等。朱燮元曰：“贼设高楼望，必四出剽掠，其中实空虚。”遂命死士五百人，突出击之。贼果无备，斩三贼将，烧楼而还。当是时，诸道援兵相继至，十二月二十四日复安岳县，二十八日复乐至县，与贼战于倒流镇、石桥、永清铺，俱有斩获。
各路兵或转战得至城下，或溃败去。秦良玉兵三千亦至。然贼兵亦日益增，无退意。贼围城八十余日，岁且尽，城中人伏腊不祭，王正不贺。贼城外日发诸人冢墓，城上望见皆泣。会有俘民脱归者，言贼旦夕须旱船一决胜负。
朱燮元知道《文选．杨恽．报孙会宗书》有言：“岁时伏腊，烹羊炮羔。”因为被贼人围城，城中物质缺乏，本来好好的节日是过不成了。
贼人数千自林中大噪而出，视之有物如舟，高丈许，长五百尺，楼数重，簟左右板如平地。一人披发仗剑，上载羽旗，中数百人，各挟机弩毒矢，牛数百头运石毂行，旁翼左右两楼，高耸入云，俯视城中，老幼妇女皆哭。
朱燮元曰：“此吕公车也。破之非驳石不可。”驳石者，巨木为杆柱，置轴柱间，转索运杆，千钧之石飞击如弹丸，贼舟不得近。朱燮元复募敢死士，以大炮击牛，中其当轭者，牛骇返走，乘势纵击败之，然城中亦力竭矣。禆将刘养鲲言有诸生范祖文、邹尉陷贼中，遣孔之谭来约。贼少却。有诸生陷贼中，遣人言贼将罗象乾欲反正。朱燮元令与罗象乾俱至，呼饮戍楼中，不脱其佩刀，与同卧酣寝。
罗象乾誓死报复缒而出，自是贼中举动无不知，乃遣部将诈降诱奢崇明至城下，罗象乾因自内纵火，奢崇明父子遁走泸州，罗象乾遂以众来归，成都城围百二日而解。
初，朝廷闻重庆变，即擢朱燮元佥都御史，巡抚四川，以杨愈懋为总兵官，而擢河南巡抚张我续总督四川、贵州、云南、湖广军。未至而成都围解，奢贼据新都，缮城积粟为守计，因克安岳，攻保宁，声言直取潼关，人心震动，安绵副使刘芬谦、湖广监军杨述程合兵攻之。兵至牛头镇，贼以骑数千、步万人来援。秦良玉、谭大孝等夹击败之，遂复新都。
贼退入兰州，复遵义府。时有湄潭叛民王伦引贼焚掠。湄潭为川、贵险要。都司陈一龙追至水西境，降之。诸军进驻遵义。官军乘势复州、县、卫所凡四十余，惟重庆为樊龙等所据。重庆，古渝州地也，三面临江，春水泛涨，一望弥漫不可渡。其出入必经之要道，惟佛图关至二郎关一路。贼自通远门城濠至二郎关，连营十七座，宿精兵数万。监军副使丘志充、杨述程，总兵杜文焕帅兵进攻之，再战，几入其垒。