然其时发踪指示，出奇无穷，多出于督臣朱燮元之方略。论者以固守成都，荡灭群妖，招降安位，为朱燮元功不世出。而不知善后抚绥，分裂其地，使南人不复反者，皆朱燮元之长算也。善乎朱燮元之疏曰：“今分水西之壤，授诸渠长，及有功汉臣，咸俾世守。盖地大者跋扈之资，而势弱者保世之策也。”
朱燮元事后论功时颇右黔将，屡奏于朝，为四川巡按御史马如蛟所劾。朱燮元力求罢，帝慰留之。其冬讨平定番、镇宁叛苗，乃通威清等上六卫及平越、清平、偏桥、镇远四卫道路，凡一千六百余里，缮亭障，置游徼。贵阳东北有洪边十二马头，故宣慰宋嗣殷地也。宋嗣殷以助安邦彦被剿灭，乃即其地置开州，又奏复故施秉县，招流民实之。
当时人评曰：“虽汉之楼船十道，其盛不能及也。昔主父偃令宗室得分王子弟，而藩服益削，则知众建土司而少其力者，其真驭远之良规欤！”
主父偃乃是汉武帝时人，他劝说汉武帝曰：“古者诸侯不过百里，强弱之形易制。今诸侯或连城数十，地方千里，缓则骄奢易为，急则阻其强而合从以逆京师。今以法割削之，则逆节萌起，前日晁错是也。今诸侯子弟或十数，而适嗣代立，余虽骨肉，无尺寸地封，则仁孝之道不宣。愿陛下令诸侯得推恩分子弟，以地侯之。彼人人喜得所愿，上以德施，实分其国，不削而稍弱矣。”汉武帝从之。
朱燮元遣兵诛摆金、两江、巴香、狼坝、火烘五洞叛苗，悉平之，水西势益孤；滇中沐氏土舍普名声乱，朱燮元奉命移兵讨平之，名声伏诛。水西安位死，无嗣，族属争立，朝议欲乘其弊郡县之。朱燮元上书谏，乃止。朱燮元遂传檄土目，谕以威德。诸部争纳土，献重器。朱燮元召将吏议，以为众建土司，使其势少力分，则易制。各欲保土地，传子孙，则不敢为逆。
朱燮元上奏曰：“臣按西南之境，皆荒服也。杨氏反播，奢氏反蔺，安氏反水西。而滇之定番，弹丸小州，为长官司者十有七，二三百年未闻有反者，非他司好逆而定番忠顺也。盖地大者跋扈之资，而势弱者保世之策也。今臣分水西之壤，授诸渠长及有功汉人，咸俾世守。凡其俗虐政苛敛，一切除之，使参用汉法，可为长久计。”制曰：“可。”西南遂底定焉。
朝臣时捐俸助饷，上谕曰：“诸臣果真心为国，兴利剔弊，朝廷自受其益；何必捐俸言助！其悉已之”。吏部奏言：“皇上命汰冗员，臣以为莫先於清廕。两京三品以上及疆埸大吏例廕其子，念其祖父劳勩也；乃父兄罪削，子弟恩廕如故。夫廕以酬劳臣，非恤罪臣也。宜命验封司清核，以杜侥幸”。崇祯皇帝是之。
户科右给事中黄承昊言：“祖宗朝边饷止四十九万，神祖时至二百八十五万，先帝时至三百五十三万。迩来又加六十八万，今出数共五百余万，岁入不过三百万；即登其数，已为不足。况外有节欠，实计岁入仅二百万耳；戍卒安能无脱巾，司农安得不仰屋乎！乞敕各边督、抚，清核历年增饷。至京支杂项，敕各衙门各自严汰。又先臣叶淇变盐法、改折色，以至边粟涌贵；必复祖制开中输边之法。西北多旷土，责有司开荒，以足军饷”。崇祯皇帝纳之，次日，召廷臣於平台，以御史吴玉疏钱粮积弊宣示阁臣。