崇祯皇帝怒，命礼部进钱千秋卷，阅毕责钱谦益，钱谦益引罪。崇祯皇帝叹曰：“微温体仁，朕几误！”遂叱章允儒”挟私多欲，结党营私”，王永光给章允儒求情，说他只是一时失言；崇祯帝斥责王永光道：“糊涂，章允儒挟私多欲，卿等难道看不出么？”崇祯帝遂将章允儒下锦衣卫狱，罢官削籍。
崇祯皇帝思索片刻后，又拟了一道旨意：“钱谦益关节有据，结党营私，祖宗成法，朕不敢违，着革职查办，速将钱千秋逮捕归案，命法司严审！”
崇祯皇帝扫了一眼群臣道：“卿等因为如何？”群臣们道：“请皇上息怒，会推阁臣本是件好事，如今反倒处分钱谦益，恐怕与会推事有些不便！”崇祯皇帝怒道：“朕命辅臣们群推阁臣，对爱卿们何等信任，如今反倒推出钱谦益这样的人！”
看崇祯皇帝余怒未消，群臣们不敢再多言，崇祯皇帝道：“皇祖朝阁中也就一员，如今虽然天下不安，韩爌任首辅，有二、三员也就够了，会推这件事暂时停了，不用再报名单了。”
群臣们都保持沉默，无助温体仁者，独周延儒奏曰：“会推名虽公，主持者止一二人，余皆不敢言，即言，徒取祸耳。且千秋事有成案，不必复问诸臣。”崇祯皇帝赞许的望了周延儒一眼，宣布退朝。
章允儒及给事中瞿式耜、御史房可壮等，皆坐钱谦益党，降谪有差；御史毛九华劾温体仁居家时，以抑买商人木，为商人所诉，赂崔呈秀以免。又困杭州建逆祠，作诗颂魏忠贤。崇祯皇帝命浙江巡抚核实；御史任赞化亦劾温体仁娶娼、受金，夺人产诸不法事。崇祯皇帝怒其语亵，贬一秩调外。温体仁乞罢，因言：“比为钱谦益故，排击臣者百出。而无一人左袒臣，臣之孤立可见。”
崇祯皇帝再召内阁九卿质之，温体仁与毛九华、任赞化诘辩良久，言二人皆钱谦益死党。崇祯皇帝心以为然，独召大学士韩爌等于内殿，谕诸臣不忧国，惟挟私相攻，当重绳以法。温体仁复力求去以要崇祯皇帝，崇祯皇帝优诏慰答焉。已，给事中祖重晔、南京给事中钱允鲸、南京御史沈希诏相继论温体仁热中会推，劫言者以党，崇祯皇帝皆不听。
法司上钱千秋狱，言钱谦益自发在前，不宜坐。崇祯皇帝诏令再勘。温体仁复疏言狱词皆出钱谦益手。刑部尚书乔允升一怒之下，召集大理寺卿康新民，太仆寺卿蒋允仪，府丞魏光绪，给事中陶崇道，御史吴甡、樊尚璟、刘廷佐等人共同审理钱千秋案，又请了二十多名各部的官员旁观，更允许群众参观整个审理过程。
自天启元年科举案发后，到如今的崇祯元年，已过去了七、八年的时间，钱千秋一直没有回浙江，留在京城靠着教书维持生计；如今已是“老态龙钟”、疾病缠身的钱千秋，那里还得看出来当年也是个“意气风放”的风流才子，此番被锦衣卫奉旨逮拿在案，钱千秋早就吓得浑身发抖，面色惨白。
可是让钱千秋更加感到惧怕的还在后面，上了大堂，他放眼望去，皆是衣冠禽兽，在京师呆久了，钱千秋也能分辨出这些官的大小，那个领头的居然是穿着绯袍，补子上绣着仙鹤，赫然是位一品大员（刑部尚书），还有众多二品、三品的大官……等等钱千秋脑袋一阵发晕，自己这是犯了什么大案了，居然要这么多大官公开审理?