1965年，龙森湖一带出现巨型怪兽，日本自卫队全军覆没……
1998年，日本海豚湾遭巨型生物袭击，小镇被巨型生物摧毁……
不仅仅是日本，世界各国都发现了不明生物的踪迹，为了应对气象异变、地外智慧生命体带来的危机，在泽井聪一郎的倡导下，世界各国暂时建立起了地球防卫军，简称UNDF，地球防卫军的力量名义上由联合国统一管理。
为了应对可能出现的危机，日本防卫厅长官吉冈哲司开始着手扩充UNDF日本支部的军事力量，并在千叶的房总半岛建立海上本部基地，此举遭到国内外反对。
然而，就在同一年，千叶县接连遭到两次不明生物袭击，在此背景下，吉冈哲司扩充防卫军力量的提议得以顺利通过。
次年，日本防卫厅正式改组为地球防卫军日本支部，防卫相吉冈哲司转为UNDF日本支部提督。
寂静的深夜，一颗流星从天空划过，坠落在小笠原群岛的一处无人岛上，接到消息的UNDF立即派遣了调查小队前往调查。
“这好像不是陨石啊…”前来采集样本的飞鸟和马仔细打量着面前十多米高的陨石摇头道，“怎么感觉像是一个……蛋？但是未免太大了一些吧？”
同行的礼次郎拿着储物盒从周围海滩上收集了一些碎片，这才走过来道，靠近那陨石，又从上面刮了一些样本，“除了这个像蛋一样的陨石，其他的都被烧的差不多了，先采集一些，带回去化验。”
“跟你一起还真是轻松啊……”和马拍着礼次郎的肩膀笑道，“这样的话，我们回去就行了……”
“辛苦你们了，不要让其他人靠近这个陨石。”礼次郎走向负责这边警戒的几名警察，虽然是无人岛，但是难免也有其他人得到陨石的消息，出于好奇跑过来。
和马、礼次郎刚赶回基地，就被叫去开会，除了他们，吉冈长官、立花准将还有另外四名成员都已经在会议室里了。
见防卫相都亲自过来了，和马、礼次郎慌忙敬礼，随后才在立花准将的示意下坐到空位上。
“和子队员，可以开始了……”吉冈对会议室里唯一的一位女成员说道。
“是……”那名被称作和子的队员手指快速的在面前的电脑上操作了起来，随即一副外太空的图片被放到会议室的大屏幕上，“这个是UNDF卫星昨天晚上拍摄到的图案……”她将鼠标指向其中的几个亮点，然后一点点放大，“大家仔细看这些东西……”
“那是……”随着图案放大，和马几人惊诧的发现，那几个亮点竟然是几只鸟类一样的巨型生物。
“这些是怪兽吗？”和马忍不住问道。
“嗯……”立花准将点了点头，“拒估计，他们的体型有50米左右……”
“不仅仅是在地球附近，在月球、火星、金星附近也都发现了他们的踪迹……”和子又接连放出了几张卫星拍摄到的照片，“目前已经发现的怪兽数量，已经有三十多只……”