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奥中舰队派出的第3波攻击却没有找到南云舰队，天上堆积的雨云挽救了日本舰队的命运，使得他们免于遭受全军覆灭的噩运。阿部弘毅指挥舰队躲进了雨区，避过了奥中战机群的搜索。
中午1点20分，扬克尔上将与马绍尔上将两支舰队再次会合，陈士英上将也应邀到了扬克尔上将的旗舰上，刚刚取得一场海上完胜的扬克尔上将决定乘胜追击，在日本人没有缓过劲来之前，一举突破巽他海峡，进入到爪哇海中。
在征询了远征军司令部的意见后，新的作战计划被批准，扬克尔下令三艘受伤的航母在四艘巡洋舰和所有十八艘驱逐舰的保护下返回能够修理大型舰船的科伦坡，自己则率领由11艘航空母舰、7艘战列舰、4艘重巡洋舰和10艘巡洋舰所组成的轴心国舰队继续向巽他海峡进行追击。
受到重创的“广西号”航空母舰和“波斯尼亚号”、“达尔马提亚号”在四艘巡洋舰和奥中驱逐舰队的护卫下从明打威群岛西南开始撤往科伦坡基地。“波斯尼亚号”和“达尔马提亚号”都只挨了一枚航弹，受了轻伤，正在加紧修复被毁坏的飞行甲板。而“广西号”的情况则要严重得多，最要命的是在舯部爆炸的那枚鱼雷，击穿了一个锅炉舱，从而导致两台锅炉报废，整个军舰损失了六分之一的动力。
不过，“广西号”还依然能够保持20节以上的航速，航母上虽然还有一些部位在冒着黑烟，但烈火已经大部分被扑灭，水兵们正拿着榔头敲打着飞行甲板如同是一个巨大的八爪鱼一般的破洞边缘。被损坏的飞机都被扔进了大海里，“广西号”共损失了37架飞机，其中在两波对日本舰队的空袭中只损失了12架作战飞机，却有25架飞机被炸毁在了军舰上，还有23架飞机被迫降落到了其它的中舰上，现在整个航母包括机库和甲板上只剩下了16架完好的作战飞机。其中只有两架是因为引擎故障等待修理的战斗机。
海战实际上已经结束了，这场自北大西洋海战以来第二场大规模的海空战役以轴心国的一场大胜而宣告结束，日本海军机动舰队损失了他们全部的航空母舰，除了被调回国内逃过了一劫的第五航空战队。这也是双方实力上巨大差距的真实对比。日本舰队只有300架左右的舰载机，而轴心国舰队却拥有1200架作战飞机，在这种情况下日本舰队还选择主动出击，无异于飞蛾扑火。
“日他老呣！”萨师俊回到了舰桥上，看着主力舰队的其他舰只浩浩荡荡向远方驶去。去继续向敌人追击，而他却不得不开始返航，不禁爆出了一句粗口。
他命令航母上的飞行员都撤退到护航的军舰上去，“福州号”巡洋舰靠在了“广西”号的左舷，两艘军舰之间系着几根大约20多米长的缆绳，大约有400多名航空部门的人员顺着缆绳滑到了巡洋舰的甲板上，先行撤离。
航母的甲板上到处都响着叮叮当当的金属敲击声，修理工们开始用电焊机或是气焊枪对军舰上的创口进行临时修补，消防队员们则在继续扑灭舰上零星复燃的起火点，并进行仔细的巡查。